Nelle versioni precedenti di MySQL ( <5.7.5 ) l'unico modo per impostare
la variabile è stata scrivendola su my.cnf (per linux) e my.ini (per Windows) nella sezione [mysqld] :
[mysqld]
innodb_buffer_pool_size = 2147483648
Devi riavviare il tuo server MySQL per farlo funzionare.
AGGIORNAMENTO :
Riferimento:http://dev .mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-buffer-pool-online-resize.html
Nota
Di @FlyingAtom