Ho avuto lo stesso problema e per peewee utilizzando MySQLdb ho ottenuto la seguente soluzione durante l'inizializzazione dell'istanza del database MySQL:
db = MySQLDatabase(db_name, user=db_username, passwd=db_password, host=db_host, port=db_port)
db.get_conn().ping(True)
dove per la funzione ping c'è:
nel db.get_conn().ping.__doc__ . Tieni presente che db.get_conn().ping(True) deve essere utilizzato se si crea nuovamente un'altra connessione. Quindi, se ti riconnetti (tramite db.connect() per esempio) devi ripetere il ping.