gli utenti selezionati hanno più di un record distinto in mysql

basta aggiungere la clausola avente

SELECT userId, COUNT(DISTINCT webpageId) AS count 
FROM visits 
GROUP BY userId
HAVING COUNT(DISTINCT webpageId) > 1

ma se solo qual è il ID

SELECT userId
FROM visits 
GROUP BY userId
HAVING COUNT(DISTINCT webpageId) > 1

• Demo SQLFiddle

il motivo per cui stai filtrando su HAVING clausola e non su WHERE è perché, WHERE la clausola non può supportare colonne che erano aggregate .