Solo per aggiungere la mia configurazione al mix, sto usando MySQL 5.7.8 che ha le stesse rigide regole sql_mode per impostazione predefinita.
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Alla fine ho capito quanto segue nel mio /etc/mysql/my.conf:
[mysqld] sql-mode="STRICT_TRANS_TABLES,NO_ENGINE_SUBSTITUTION"
vale a dire trattino, non underscore e virgolette attorno al valore.
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NON ho altri file my.conf diversi da /etc/mysql/my.conf
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Ci sono alcune configurazioni extra che vengono caricate da /etc/mysql/conf.d/ ma sono vuote.
E questo sembra funzionare per me.