Il mio problema è stato risolto quando ho aggiunto spring.datasource.separator=^;
in application.properties
e ogni riga al di fuori della procedura/trigger dovrebbe essere terminata con ^;
Esempio come segue:
DROP TRIGGER IF EXISTS Persons_log_update ^;
CREATE TRIGGER Persons_log_update
BEFORE UPDATE ON Persons
FOR EACH ROW
BEGIN
INSERT INTO Personshistory(PersonID,LastName,FirstName,Address,City)
values(OLD.PersonID,OLD.LastName,OLD.FirstName,OLD.Address,OLD.City);
END ^;