Le query vengono sempre gestite in parallelo tra più sessioni (ad es. connessioni client). Tutte le query su una singola connessione vengono eseguite una dopo l'altra. Il livello di parallelismo tra più connessioni può essere configurato in base alle risorse del server disponibili.
In genere, alcune operazioni sono protette tra singole sessioni di query (chiamate transazioni). Questi sono supportati dai backend InnoDB, ma non dalle tabelle MyISAM (ma supporta un concetto chiamato operazioni atomiche). Ci sono vari livelli di isolamento che differiscono in quali operazioni sono protette l'una dall'altra (e quindi in che modo le operazioni in una transazione parallela influiscono su un'altra) e nel loro impatto sulle prestazioni.
Per ulteriori informazioni leggi le transazioni in general e l'implementazione in MySQL .