Probabilmente c'è un modo per farlo tramite MySQL, tuttavia, il modo semplice (e affidabile) è usare microtime di PHP funzione, che restituisce l'ora corrente in millisecondi.
Qualche codice di esempio:
$sql = '...';
$msc = microtime(true);
mysql_query($sql);
$msc = microtime(true)-$msc;
echo $msc . ' s'; // in seconds
echo ($msc * 1000) . ' ms'; // in millseconds
