Sono disponibili diversi pacchetti per questa attività:
Pera :http://pear.php.net/package/SQL_Parser (ancora abbastanza nuovo)
txtSQL :http://sourceforge.net/projects/txtsql
Analisi PHP-SQL :http://code.google.com/p/php-sql-parser / (come menzionato dall'OP). Questo sembra essere il più robusto di questi tre (di certo il meglio documentato)