MySQL non è un database incorporato:l'unico JAR ad esso correlato è il driver JDBC. Richiede un processo di installazione, che potrebbe essere sottoposto a script tramite Java, ma il processo funzionerà sicuramente al di fuori dell'applicazione Java che intendi supportare. Ciò significa che puoi disattivare la tua applicazione Java ma il servizio/daemon MySQL sarà ancora in esecuzione.
Solo libmysqld è incorporabile.
Ci sono database incorporati - SQLite, Firebird - e database incorporati realizzati in Java - HSQL, Derby/(non ricordo come fosse chiamato prima). Credo che SQL Server Compact Edition sia incorporabile, mentre SQL Server Express/MSDE non lo è. Non so se Oracle ha una versione incorporabile....
