Sto affrontando il tuo stesso problema, il problema si verifica solo quando uso Opera o Chrome.
Nel mio caso, ho un .htaccess per puntare ogni cosa al file di indice. Naturalmente il browser richiederà lo script due volte, una per lo script stesso, l'altra per la favicon.
La soluzione: Prova a modificare il .htaccess per impedire il reindirizzamento al file di indice quando il browser richiede favicon.ico
