Ho riscontrato questo problema quando il file di dati non è presente nella directory dei dati ma il file di definizione della tabella esiste o viceversa. Se stai usando innodb_file_per_table, controlla la directory dei dati per assicurarti di avere entrambi un .frm file e file .ibd per la tabella in questione. Se è MYISAM, dovrebbe esserci un .frm , .MYI e un .MYD file.
Il problema di solito può essere risolto eliminando manualmente il file orfano.
