A richiesta, ora come risposta...
Quando si utilizza MySQL Query Browser o phpMyAdmin, sembra che venga aperta una nuova connessione per ogni query (bugs.mysql.com/bug.php?id=8280 ), rendendo necessario scrivere tutte le istruzioni drop in una query, ad es.
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
DROP TABLE my_first_table_to_drop;
DROP TABLE my_second_table_to_drop;
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1;
Dove il SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1
serve come misura di sicurezza aggiuntiva...