Ho trovato il motivo per cui la connessione non funzionava, era perché la connessione stava tentando di connettersi alla porta 8888, quando doveva connettersi alla porta 8889.
$conn = new PDO("mysql:host=$servername;port=8889;dbname=AppDatabase", $username, $password);
Ciò ha risolto il problema, sebbene la modifica del nome del server in localhost restituisca l'errore.
Connessione non riuscita:SQLSTATE[HY000] [2002] Nessun file o directory di questo tipo
Ma si connette correttamente quando viene inserito l'indirizzo IP per il nome del server.