Ho avuto lo stesso problema anche con questo, ma su Windows dopo l'aggiornamento a MySQL 5.5 da MySQL 5.1. Ho già provato a cambiare, creare e reimpostare la password menzionata in qui , qui , qui e qui , nessun indizio. Ricevo ancora lo stesso errore:
ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)
Sono in grado di connettermi normalmente, mostrare tutti i database, fare selezioni e inserimenti, creare e aggiungere utenti, e ma quando si tratta di GRANT, sono incasinato. L'errore di accesso negato viene visualizzato di nuovo.
Sono riuscito a risolvere questo problema correggendo i privilegi con il seguente comando nella directory bin/ del server MySQL come menzionato in qui :
C:\MySQL Server 5.5\bin> mysql_upgrade
Poi il problema è scomparso. Spero che questa soluzione funzioni anche su Linux poiché di solito MySQL fornisce lo stesso comando sia su Linux che su Windows.