Hai installato un JRE e non un JDK.
Per compilare il codice nativo JNI, devi installare un JDK, che viene fornito con l'intestazione jni.h appropriata, nonché le intestazioni specifiche del sistema operativo.
Quando lo fai, aggiorna il tuo percorso di inclusione a
-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux
