Sto cercando di estrarre una colonna XMLTYPE da una tabella Oracle utilizzando JDBC e riscontrando alcuni problemi

Non puoi recuperarlo come stringa (varchar), a causa delle limitazioni della lunghezza di varchar (4000 byte). Selezionalo come CLOB:

    String query = "SELECT TBL.XMLTYPECOLUMN.GETCLOBVAL() FROM TABLE TBL";
    rs = stmt.executeQuery(query);
    xmlClob = (Clob) rs.getClob(1);

http://kodehelp.com/how- to-read-xmltype-column-from-database-using-jdbc/