La procedura è scaduta da ADO.NET ma non in SSMS

Puoi confrontare le opzioni SET per la sessione in timeout con quelle della sessione che non lo è:

SELECT
    session_id,
    [ansi_defaults],
    [ansi_null_dflt_on],
    [ansi_nulls],
    [ansi_padding],
    [ansi_warnings],
    [arithabort],
    [concat_null_yields_null],
    [deadlock_priority],
    [quoted_identifier],
    [transaction_isolation_level]
FROM
    sys.dm_exec_sessions
WHERE
    session_id IN (<spid1>, <spid2>);

Quando ne trovi alcune diverse, prova a modificare ciascuna impostazione in modo opposto nella query SSMS fino a quando non ottieni il timeout (o impostando manualmente le opzioni nel codice dell'app prima di inviare la query). Ora, non ho un'istanza del 2005 a portata di mano, quindi non ho testato questa query. Potrebbe essere necessario commentare uno o più nomi di colonna.