Stavo riscontrando lo stesso problema e ho scoperto che era causato da Strumenti -> Opzioni -> Esplora oggetti di SQL Server -> Scripting -> Converti tipi di dati definiti dall'utente in tipi di base.
Quando questo è "Vero" perdo i miei blocchi di commenti. Quando "False" i miei blocchi di commenti sono tornati.