Puoi usare questo:http://www.ozerov.de/bigdump/
Oppure
Usa questo comando per dividere il file sql
split -l 5000 ./path/to/mysqldump.sql ./mysqldump/dbpart-
Il comando split prende un file e lo suddivide in più file. La parte -l 5000 dice di dividere il file ogni cinquemila righe. Il bit successivo è il percorso del file e la parte successiva è il percorso in cui si desidera salvare l'output. I file verranno salvati come qualsiasi nome file specificato (ad es. "dbpart-") con una combinazione di lettere alfabetiche allegata.
Ora dovresti essere in grado di importare i tuoi file uno alla volta tramite phpMyAdmin senza problemi.
Maggiori informazioni http://www.webmaster-source.com/2011/09/26/how-to-import-a-very-large-sql-dump-with-phpmyadmin/