IMHO la soluzione più semplice è:
- In phpmyadmin seleziona il database che vuoi troncare nell'elenco dei database (a sinistra)
- Nella vista principale scorri verso il basso, vedrai una casella di controllo "Seleziona tutto" e accanto ad essa una casella a discesa in cui puoi selezionare "Svuota". Fatto.
