Per Ubuntu (ho usato Ubuntu 12.04), la configurazione predefinita di phpmyadmin apache può essere trovata in /etc/phpmyadmin/apache.conf
Puoi aprirlo digitando sudo nano /etc/phpmyadmin/apache.conf
e cambia il terzo
Alias /yournewalias /usr/share/phpmyadmin
Non dimenticare di riavviare il servizio Apache,
sudo service apache2 restart