Mi sono imbattuto nella stessa cosa oggi stesso dopo l'aggiornamento alla 4.6.0, quello che ho fatto per risolvere il problema è stato eliminare il contenuto della directory phpmyadmin ad eccezione del file di configurazione (config.inc.php nella radice). Fatto ciò ho caricato nuovamente 4.5.4 che può essere ottenuto da qui https://github .com/phpmyadmin/phpmyadmin/tree/MAINT_4_5_4 basta fare clic su download zip in alto a destra e questo è il loro repository ufficiale tra l'altro.
