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La statistica della query impiega il 99% del tempo della query

Ne ho ricavato una risposta perché un commento non supporta la formattazione del codice.

Le statistiche nell'output del profilo sono definite all'interno di questa parte nel codice sorgente C++ di MySQL

 /* Calculate how to do the join */
thd_proc_info(thd, "statistics");
if (make_join_statistics(this, select_lex->leaf_tables, conds, &keyuse) ||
thd->is_fatal_error)
{
DBUG_PRINT("error",("Error: make_join_statistics() failed"));
DBUG_RETURN(1);
}

Ma devi ancora correre

SHOW PROFILE ALL FOR QUERY n

Quindi possiamo vedere se la query è limitata alla CPU o all'I/O del disco.

Consiglio di utilizzare UNION ALL o di utilizzare la strategia divide et impera per separare le query