Come rimuovere i valori duplicati all'interno di un elenco in mongodb

Puoi usare un ciclo foreach con alcuni javascript:

db.bill.find().forEach(function(entry){
     var arr = entry.bill_codes;
     var uniqueArray = arr.filter(function(elem, pos) {
        return arr.indexOf(elem) == pos;
     }); 
     entry.bill_codes = uniqueArray;
     db.bill.save(entry);
})