Dopo alcune ulteriori indagini, ho avuto la risposta alla mia domanda. Invece di usare direttamente le variabili oid o usare le stringhe, dovrei usare la funzione BCON_OID. La seguente query aiuta a recuperare ciò che volevo:
qry = BCON_NEW("$query", "{", "name", "{", "$in", "[",
BCON_OID(oid1), BCON_OID(oid2), BCON_OID(oid3), "]", "}", "}");