Puoi utilizzare una sintassi diversa da quella che stai provando che ottiene lo stesso risultato ma non incontra la limitazione in SERVER-3544.
Usa questa sintassi:
db.collection.find({ "unusual": {"$elemMatch":{"defindex":363,"_particleEffect":{"$in":[6,19]} }} })
Questo corrisponderà a qualsiasi documento che abbia un elemento array con 313 e 6 o 19.
Funziona anche con {$in:[]}
sia per defindex che per _particleEffect, purché tu intenda far corrispondere una qualsiasi combinazione delle due liste.
db.collection.find({ "unusual": {"$elemMatch":{"defindex":{"$in":[313,363]},"_particleEffect":{"$in":[6,19]} }} })