Forse il tuo cursore è scaduto sul server. Per vedere se questo è il problema, prova a impostare timeout=False`:
for doc in coll.find(timeout=False)
Vedi http://api.mongodb.org/python/1.6/api/pymongo/collection.html#pymongo.collection.Collection.find
Se si trattava di un problema di timeout, una possibile soluzione è impostare il batch_size (v. altre risposte).
