Il percorso db predefinito per mongodb è /data/db/
.
Quindi, quando corri:
mongod
MongoDB controlla se /data/db/ è presente e se l'utente ha accesso ad esso. Nel tuo caso, non esiste tale directory e quindi l'errore.
Tuttavia puoi sovrascrivere il percorso db predefinito usando l'argomento --dbpath di mongod( o usare un file di configurazione).
mongod --dbpath /var/lib/mongodb/data/db
In questo caso invece di controllare /data/db/mongoDB, controlla /var/lib/mongodb/data/db. Nel tuo caso, hai la directory specificata e hai accesso ad essa e quindi funziona.
E facendo questo non si avvia il mongo shell. Per avviare la shell, avvia prima mongod come menzionato sopra e lascialo in esecuzione. Quindi in un altro terminale esegui
mongo
Questo avvierà la mongo shell.