Bene, ho capito qual era il problema. Mi sento un po' un idiota, ma eccolo qui. Avevo sia lo schema della carta che quello del mazzo definiti nello stesso file poiché erano correlati e aveva senso. Alla fine del file, avevo quanto segue:
module.exports = mongoose.model('Card', CardSchema);
module.exports = mongoose.model('Deck', DeckSchema);
Ciò significava che il mio schema della scheda non veniva mai esposto perché non stavo pensando quando esportavo i modelli. Ho spostato lo schema Deck in un file separato e ora funziona tutto.
Stupido errore, ma ora lo so. E conoscere è metà della battaglia.