Mongodb aggiorna l'elemento specifico da subarray

Il problema nel tuo codice è dot-notation perché Quando si specifica la notazione del punto si presume che i criteri di filtro specificati debbano corrispondere al singolo elemento dell'array che soddisfa tutti i criteri. Ma non è così. La notazione del punto sugli array può raccogliere qualsiasi elemento dell'array se un singolo criterio corrisponde. Ecco perché stai ricevendo l'aggiornamento inaspettato.

Devi usare $elemMatch per abbinare tutti i filtri nell'array elemento.

db.coll.update({
'_id' : 28,
n: { 
   $elemMatch:{
       a : new ObjectId('4ef85a3e46b3b84408000000'),
       c : 28 }
   }
},
{
  $push : {
     'n.$.p' : ObjectId("4b97e62bf1d8c7152c9ccb74")
  },
  $set : {
     'n.$.t' : ISODate("2013-05-13T14:22:46.777Z")
  }
})

e l'output è

    {
        "a" : ObjectId("4ef85a3e46b3b84408000000"),
        "c" : 28,
        "p" : [
            ObjectId("4f00631046b3b85002000000"),
            ObjectId("4b97e62bf1d8c7152c9ccb74")
        ],
        "t" : ISODate("2013-05-13T14:22:46.777Z"),
        "u" : 26
    }