MongoDB
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Nanosecondi persi provenienti da MongoDB ISODate Object

MongoDB archivia i documenti in formato BSON e le sue specifiche dice:

Quindi, la precisione della data è limitata a millisecondi. Se hai davvero bisogno di memorizzare nanosecondi, non dovresti usare il tipo di data. Devi usare un long e memorizzare il timestamp, in modo da non perdere la precisione.