MongoDB attualmente non supporta le partizioni, esiste un ticket JIRA per aggiungerlo come funzionalità (SERVER -2097 ).
Una soluzione è sfruttare più raccolte basate sul tempo, ciclizzando le raccolte in modo simile alle partizioni. In genere lo faremmo quando di solito eseguivi query solo su una o poche di queste raccolte basate sul tempo. Se dovessi spesso leggere più raccolte, potresti aggiungere del codice wrapper per semplificarlo.
Ci sono anche Indici TTL , che sfruttano un thread in background nel server mongod per gestire le eliminazioni per te.
Le tue eliminazioni da parte di _id potrebbero essere state lente per una serie di motivi e probabilmente meritano ulteriori indagini oltre alla tua domanda originale.