La risposta breve alla tua domanda è; tu no. L'unica opzione disponibile è memorizzare ogni coppia univoca come un singolo elemento dell'array. Quindi, piuttosto che :
{a:[1,2], b:[8,9]}
memorizzi
{ab:[[1,8], [1,9], [2,8], [2,9]]}
Ovviamente questo ha alcuni aspetti negativi, quindi dipende davvero dal tuo caso d'uso specifico se questa è una soluzione alternativa o meno appropriata. Sono d'accordo, tuttavia, sul fatto che mongo non dovrebbe rifiutare più indici di array solo per la prova dell'idiota. È una buona funzionalità per array a cardinalità piccola/bassa.