Gruppo di mangusta e conteggio

Devi $unwind array di elementi prima del raggruppamento:

const aggregatorOpts = [{
        $unwind: "$items"
    },
    {
        $group: {
            _id: "$items.productId",
            count: { $sum: 1 }
        }
    }
]

Model.aggregate(aggregatorOpts).exec()

che dà:

{ "_id" : "789", "count" : 1 }
{ "_id" : "456", "count" : 2 }
{ "_id" : "123", "count" : 3 }