Puoi eseguire più processi mongod sulla stessa macchina su porte diverse e puntare a directory di dati diverse e renderli parte dello stesso set di repliche.
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Starting +e+Ferma+Mongo
mongod --dbpath c:/data1 --port 12345 --replSet foo
mongod --dbpath c:/data2 --port 12346 --replSet foo
e quindi connettiti a uno dei processi mongod utilizzando la console mongo e aggiungi avvia il set di repliche utilizzando le istruzioni descritte qui:
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Replica+ Imposta+-+Nozioni di base
