Come devo strutturare la mia app node/express/mongodb?

Per quel che vale, la mia configurazione attuale è questa, finché non esco (o trovo) qualcosa di chiaramente migliore:

lib
  db
      index.js
      model.js
      ...
  handler
      index.js
      whateverMakesSenseForMyParticularWebSite.js
      ...
  router
      index.js
      model1RestRoutes.js
      model2RestRoutes.js
      iuRoutes.js
      ...
  config.js (or a folder with multiple files if it makes sense)
  server.js (main)
public
  css
  img
  js
test
  ...
views
  ...

Quindi sì, modelli, viste, ma separo percorsi e implementazione dei gestori effettivi. Disaccoppiamento, iniezione di dipendenza fino in fondo. Molto più testabile/beffardo.