Non riesco a vedere in nessun altro modo, ho implementato una cosa del genere prima e non ho avuto problemi.
Nel tuo caso, dovrebbe essere qc così, passi il $follower_ids
di un determinato utente array come argomento per la tua funzione:
$query = array("status_owner_id" => array('$in' => $follower_ids));
$cursor = $mongo->yourdb->statuses->find($query);
E se indicizzi gli stati (se hai abbastanza ram per farlo) su owner_id otterresti i risultati molto velocemente.
Spero che ti aiuti, Sinan.