Lo svantaggio principale è il bias di query. Il fenomeno per cui tali database tendono a essere progettati tenendo conto di un particolare tipo di query e risultano difficili da gestire quando è necessario scrivere altre query.
Supponiamo di avere Studenti e Corsi e di modellare tutto ciò in modo da poter dire, in una singola riga in una singola tabella, "John Doe prende {francese, algebra, teoria relazionale}" e "Jane Doe prende {tedesco, funzionale Informatica, Teoria Relazionale}".
Ciò rende facile interrogarsi su "quali sono tutti i corsi seguiti da...", ma prova a immaginare cosa ci vorrebbe per produrre la risposta a "quali sono tutti gli studenti che seguono la Teoria Relazionale".
Prova a immaginare tutte le cose che il sistema stesso dovrebbe fare per dare a una query del genere (se fosse possibile scriverla) una possibilità di funzionare ragionevolmente ...
