Se avvii mongod come utente xxx quindi tutte le directory e i file che deve utilizzare devono essere di proprietà dell'utente xxx - nel tuo caso vedo diversi file di proprietà di root quindi mongod non può manipolare quei file.
Correggi i permessi e assicurati di non eseguire mai mongod come radice di nuovo. Inoltre, quando ricevi un errore da mongod guardare nel file di registro ti dirà esattamente cosa ha causato un errore. (In tutti i casi tranne quando il file non è scrivibile dall'utente mongod è in esecuzione come).
