Come filtrare i documenti in base a un array incorporato?

Devi usare $elemMatch(projection) . Qualcosa come di seguito dovrebbe funzionare.

import static com.mongodb.client.model.Projections.elemMatch;

Bson filters = and(eq("userId", userId));
Bson projections = fields(elemMatch(ARRAY_FIELD_NAME, eq("id", id)), excludeId());