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Mongo Bulk Insert in più raccolte

Hai ragione nel dire che l'API in blocco opera solo su raccolte singole.

Non esiste un motivo specifico, ma le API in generale sono nell'ambito della raccolta, quindi un "inserimento collettivo di raccolte incrociate" sarebbe una deviazione di progettazione.

Ovviamente puoi impostare più oggetti API in blocco in un programma, ciascuno su una raccolta diversa. Tieni presente che mentre questo non sarebbe transazionale (nel senso di startTrans-commit-rollback), non lo è nemmeno l'inserimento collettivo.