Devi passare l'argomento unicode_decode_error_handler a MongoClient e usare almeno pymongo 3.5.1.
import pymongo
import json
from pymongo import MongoClient
if __name__ == '__main__':
client = MongoClient(
host="whatever_your_host_is",
maxPoolSize=50,
unicode_decode_error_handler='ignore'
)
my_db=client['my_db']
collection=my_db['my_collection']
cursor = collection.find({"whatever": "some_stuff"})
for document in cursor:
print(document)
Sembra che 'ignora' sia impostato di default su Python 2.7, ma in Python 3.6.1 devi farlo da solo. Questo ignorerà gli errori Unicode e consentirà al cursore di continuare a scorrere, pymongo cercherà di fare del suo meglio per ricostruire i dati JSON.