console.log non mostra le proprietà dell'oggetto previste

Probabilmente hai un oggetto documento invece di un semplice oggetto. Quelli hanno un toJSON metodo che restituisce solo le proprietà del tuo schema e il _id , ma nient'altro. Se stai copiando quel metodo con il tuo for-in-loop su appointment oggetto, verrà serializzato anche in modo diverso una volta registrato.

Prova

for (var key in appointmentsDB[i].toObject()) {
    appointment[key] = appointmentsDB[i][key];    
}

appointment.test= "res";

console.log(appointment);