Quando esegui una sincronizzazione iniziale da zero su un secondario, scrive tutti i dati freschi. Questo rimuove il riempimento, lo spazio vuoto (dati cancellati) ecc. Di conseguenza, sotto questo aspetto è simile all'esecuzione di una riparazione.
Se eseguissi una riparazione sul primario (operazione di blocco, da eseguire solo se assolutamente necessario), i due sarebbero nel complesso molto più vicini.
Se controlli l'output da db.stats()
dovresti vedere che i vari database hanno lo stesso numero di oggetti, le differenze di dimensione della directory dei dati non sono nulla di cui preoccuparsi.