Perché questa query trova il documento nella shell:
db.getCollection('stories').find({_id:'572f16439c0d3ffe0bc084a4'})
Ciò significa che il tipo di _id nel documento è in realtà una stringa, non un ObjectId come si aspetta Mongoose.
Per trovare quel documento usando Mongoose, dovresti definire _id nello schema per Story come:
_id: { type: String }