Non hai bisogno di scappare così tanto. Puoi semplicemente usare virgolette singole al di fuori della query e virgolette doppie all'interno, ad es. Ma fai attenzione ad avere il tipo come esadecimale, che significa "03" e non "3"
mongodump --host localhost --db test --collection bd --query
'{"_id" : { "$binary" : "ryBRQ+Px0kGRsZofJhHgqg==", "$type" : "03" } }'
