Questo non è supportato nella versione corrente (v2.0) di mongoimport, ma dovrebbe arrivare presto. Puoi controllare il ticket JIRA qui, previsto per la v2.1:
Fino ad allora, se riesci a tradurre i tuoi dati CSV in JSON, puoi utilizzare mongoimport --type json
per importare i dati nidificati.
MODIFICA: Questa funzione è stata rilasciata ora e disponibile da 2.8.0-rc0