L'aggiornamento di un campo indicizzato in mongodb provoca un aggiornamento dell'indice (o degli indici se ne hai più di uno) che lo utilizzano. Non "reindicizza". Non dovrebbe essere poi così costoso:in effetti eliminerai la vecchia voce e ne inserirai una nuova.
Questo documento ha una discreta quantità di dettagli sugli indici mongodb:
http://docs.mongodb.org/master/MongoDB-indexes-guide .pdf
A proposito, tieni presente che esiste un campo speciale, _id, che mongodb utilizza come chiave primaria
Non puoi aggiornare il campo _id.