Salva tutte e tre le cose (connessione al server, database e raccolta) e avvia i tuoi app.ODM per MongoDB come Mongoose fanno da soli, nel caso in cui sei dubbioso. Potresti voler utilizzare async per evitare di annidare il codice troppo in profondità.
Personalmente, utilizzo mongo-lite
che mi permette di fare var db = require('mongo-lite').connect('mongodb://localhost/exampleDb', ['test']);
Dopo di che posso giocherellare con db.test, la mia collezione. Questo mi fa risparmiare un sacco di boilerplate.