Se puoi presumere che un poligono sia sempre una regione di un altro (completamente contenuto da esso), potresti invece di utilizzare l'intero poligono per la regione, calcolarne semplicemente il punto centrale e utilizzare un punto o un quadrato molto piccolo in quel punto da testare contro i genitori. Se hai un rettangolo di delimitazione, il punto centrale dovrebbe essere facile da trovare.
In questo modo eviti i problemi che stai riscontrando con i bordi che si sovrappongono a due genitori e dovrebbe funzionare per qualsiasi regione purché tu sappia che la regione è all'interno del suo genitore e non solo sovrapposta.
Quindi potresti non aver nemmeno bisogno di due query, basta ridurre state.Geometry a un piccolo quadrato attorno al suo punto centrale e interrogare invece con quello.